2007年6月24日、CMパンクとのECW王座戦に出場予定だったPPVヴェンジェンスを「家庭の事情」を理由に急遽欠場。翌25日にジョージア州の自宅で妻、息子とともに遺体で発見された。40歳であった。
6月26日、地元警察が調査結果を報告。捜査の結果、ベノワが22日に妻を縛ったうえで絞殺、翌23日には息子に薬物を投与し意識を失わせた状態で窒息死させた後に、自宅地下のトレーニングルームで首吊り自殺したと判明。自宅における多重殺人事件と自殺事件であると発表した（いわゆる無理心中）。
事件の動機としては、ベノワが摂取していたステロイド剤（合法的に処方されたもの）の副作用による鬱症状が原因とする説、脆弱X症候群と呼ばれる遺伝性の難病を患っていた息子の将来を悲観したとする説などが挙げられている。9月に医療専門家らがステロイド剤ではなく慢性的な外傷性脳損傷が原因という見方を示した（専門家チームは、ベノワの脳の状態は85歳程度のアルツハイマー患者の脳に酷似していた、と述べている）[3]。
WWEは当初追悼興行を開く計画であったが、事態を重く見たWWE首脳陣が興行の取り止めを決定した。またベノワの戦績・グッズなど彼に関するすべての情報を削除し、公式サイトにおける彼のプロフィールも閲覧不可能になった。また、リムジンを爆破して大掛かりな自身の死亡ギミックを展開していたビンス・マクマホンも番組に登場し、「今後彼の名前が番組内で語られることはない」と発言した。上記のような処置のため確実視されていた殿堂入りや、彼を特集したDVDなどの発売もほぼ確実になくなり、記録の改ざんや過去の映像でも登場部分がカットされるようになった。
その後、ビンス・マクマホンは”The Untold History of The WWE”というマガジンのインタビューにおいて、「WWEが彼をプロモーションすることは今後あり得ないが、彼が歴史上に存在したということを否定できない。」とし、今後は映像や記録から必ずしも削除しないという方針を語った。実際、WWE公式HPの各タイトル歴代王者には名前が復活している。
この一件はアメリカにおいて知名度の高い人物による殺人事件であることと、（近年アメリカスポーツ界で社会的問題になっている）ステロイド剤の副作用による影響ではないかとの考えから大手の報道機関でも大きく取り上げられた。特に事件当初の情報の少なかった時点ではステロイド剤を影響とする説が特に大きく取り扱われ、所属選手のステロイド剤使用と、加えて報道されたハードな労働状況などからWWEの社会的信用にも大きな影響を与えた。以後WWEは所属選手に対するドラッグテストを義務化し、違反者を処罰するようになった。
なお、ベノワの母国であるカナダのTV局en:CBC_Televisionは、ドキュメンタリー番組のen:The Fifth Estateにて彼のデビューから死に至るまでの足跡を辿った「Chris Benoit: A Fight To The Death」という特集を製作した。この中でベノワと親しかったジェイク・ロバーツは「ベノワは決して衝動や副作用などで軽々しく殺人を犯す人物ではない」と述べている。また、ベノワの父はベノワの親友であったエディ・ゲレロの死がベノワの精神状態に深い影響を与えていた事[4]を語っている。元WWE所属で重度の脳震盪による後遺症で引退したクリス・ハーバートはベノワの父にベノワの脳の病理解剖を行う様に提案し、その結果前述の様な脳障害の実態が明らかになった経緯も番組内で述べられている。
